在兵力上,日军以联合舰队司令山本五十六海军大将为总指挥,突击编队的指挥官再次启用为南云忠一海军中将,空袭部队:指挥官为南云忠一海军中将,包括“隼鹰”号、“飞鹰”号、“苍龙”号、“大风”号、翔鹤号瑞鹤号共六艘航母,任务就是出动舰载机攻击停泊在珍珠港的美军战列舰和航母。
警戒部队:指挥官为第一驱逐舰战队司令大森仙太郎海军少将,编有“阿武隅”号轻巡洋舰和“谷风”号、“浦风”号、“滨风”号、“矶风”号、“不知火”号、“霞”号、“霰”号、“阳炎”号和“秋云”号九艘驱逐舰,负责为空袭部队和补给部队提供警戒。
支援部队:指挥官为第三战队司令三川军一海军中将,编有“比睿”号、“雾岛”号两艘战列舰和“利根”号、“筑摩”号两艘重巡洋舰,负责为空袭部队提供支援,主要是对付美军的大型水面军舰。
巡逻部队:指挥官为第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐,由“伊,19”号、“伊,21”号和“伊,23”号三艘潜艇组成,在编队航线前方航行,担负侦察警戒。
中途岛破袭部队:指挥官为第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐,由“潮”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成,任务是炮击中途岛牵制美军。
补给部队:由“极地丸”、“极东丸”、“健洋丸”、“国洋丸”、“神国丸”、“东邦丸”、“东荣丸”和“日本丸”等七艘油船组成,负责为编队进行海上加油。
在大部队出发之前,日本先派出了先遣编队,指挥官为第六舰队司令清水光美海军中将,这些部队分别是:
第一潜艇部队:指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将,下辖“伊,9”号、“伊,15”号、“伊,17”号、和“伊,25”号四艘潜艇,在瓦胡岛东北展开,攻击美军可能出动反击的舰艇。
第二潜艇部队:指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将,下辖“伊,1”号、“伊,2”号、“伊,3”号、“伊,4”号、“伊,5”号、“伊,6”号和“伊,7”号七艘潜艇,在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开,监视并伺机攻击美军。
第三潜艇部队:指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将,下辖“伊,8”号、“伊,68”号、“伊,69”号、“伊,70”号、“伊,71”号、“伊,72”号、“伊,73”号、“伊,74”号、“伊,75”号九艘潜艇,在瓦胡岛以南海域展开,攻击美军可能出动反击的舰艇。
特别攻击部队:指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐,下辖“伊,16”号、“伊,18”号、“伊,20”号、“伊,22”号和“伊,24”号五艘潜艇,各携带一艘袖珍潜艇,在空袭前将袖珍潜艇放出,由袖珍潜艇自行潜入港内,必须在第一攻击波开始后才能乘乱从水下发射鱼雷进行攻击。
要地侦察部队:由两艘潜艇组成:“伊,10”号侦察斐济、萨摩亚群岛:“伊,26”号侦察阿留申群岛,这些潜艇主要是密切注意美军的动静,以及时反馈给司令部,但是这些部队并沒有起到很好的作用。
补给部队:由“隐户丸”、“东亚丸”、“新玉丸”、“第二天洋丸”、“日立丸”、“富士山丸”六艘油船组成,部署在本土和夸贾林群岛,为先遣部队的潜艇提供燃油补给。
相对于准备好的日军,美军的准备有些不足,当时美军在珍珠港所有舰艇有3艘航母(企业号、列克星敦号、萨拉托加号)、9艘战列舰(宾夕法尼亚号、加利福尼亚号、马里兰号、俄克拉荷马号、田纳西号、西弗吉尼亚号、亚利桑纳号、内华达号、科罗拉多号)、20艘巡洋舰、69艘驱逐舰和27艘潜艇。
在日军进攻之时珍珠港在泊舰艇:8艘战列舰(宾夕法尼亚号、加利福尼亚号、马里兰号、俄克拉荷马号、田纳西号、西弗吉尼亚号、亚利桑纳号、内华达号)、3艘轻巡洋舰、3艘水上飞机供应舰、29艘驱逐舰,另外还有轻巡洋舰4艘、驱逐舰3艘在船坞维修,很神奇的沒有一艘航母在港内,